該處指出，企業或金融機構依企業併購法、金融機構合併法、金融控股公司法等規定辦理合併、分割或收購移轉土地所有權時，其應繳納之土地增值稅可申請記存，暫不繳納；但該土地如有買賣、贈與、信託及被徵收等再移轉行為時，原記存的土地增值稅應由收購公司、分割後既存或新設公司負責代繳。
該處進一步舉例說明，甲公司與乙公司依企業併購法規定辦理合併，合併後乙公司消滅，其所有A土地移轉登記於甲公司名下，應繳納的土地增值稅800萬元將記存在甲公司名下，稅捐處會對A土地加以列管，並每年辦理清查，如查獲A土地已再行移轉，將對甲公司追繳原記存的土地增值稅800萬元；若甲公司僅移轉A土地部分持分，則稅捐處會按比例追繳該移轉部分的土地增值稅額。